同济大学有关方面表示，杨杰的行为背离了一个教育工作者和学者基本的科学精神和诚信操守，违反了学校和教育部有关规章制度，根据同济大学与其签订的聘用合同的有关条款，学校决定终止与杨杰的聘用合同，并同时解除对其同济大学教授职务的聘任。
杨杰于2004年9月通过公开招聘，被任命为同济大学生命科学与技术学院院长、教授。2006年3月21日，同济大学表示因杨杰在学科建设、行政管理等方面不适合担任院长等行政职务，正式免去其院长等职务。
早在2004年10月，方舟子就在他的博客上发表了《神秘的同济大学生命科学与技术学院新院长》一文，质疑杨杰履历造假，在网上引起了较大反响。
同济大学在收到反映杨杰涉嫌学术造假的举报后，经查证，杨杰确实存在以下造假行为：
2005年3月，在有关博士点申报材料中，一篇2004年发表于《肺癌》（Lung Cancer）杂志的论文被列入杨杰作为第一作者的论文清单。经查证，该论文并非杨杰的成果。文献检索所显示的“J．Yang”，不是“Jie Yang”，而是“Jun Yang”。杨杰在《肺癌》杂志刊出的论文是在填写申报材料之后，而且杨杰是第二作者。
2005年7月，杨杰在申报长江学者特聘教授候选人的申请材料中，再一次将Jun Yang 在《Lung Cancer》上发表的论文列入自己的成果清单。
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